一、后天发育迟缓

出生后在性器官发育期间，由于患慢性疾病致全身性营养不良，造成全身发育迟缓，性器官发育也受到抑制，成年后阴茎发育稍差，但功能正常。另一种是肥胖儿童，由于血睾酮含量稍低，阴茎发育迟缓，与同龄儿童相比差异明显。从13岁起适当给予小剂量睾酮，提高血睾酮浓度，有利于性器官的发育，与此同时必须节食，并加强身体锻炼以利减肥。成年后若阴茎发育较差，同时影响夫妻性生活时，可作阴茎延长术。

二、小阴茎

妊娠第6周开始出现原始性腺，第8周原始性腺分化成功能性睾丸，具备了分泌睾酮的能力。性器官进一步分化的方向取决于胎儿在发育过程中有无一定数量的睾酮能力，即便是男胎儿，也必须要有适量的睾酮，才能保证胎儿性器官朝着男性分化发育。某些药物或患慢性疾病，可使胎儿性器官发育受到抑制，如原发性曲细精管发育不全征（Klinefelter综合征）的小阴茎，但这也可能是某种遗传基因的影响，常有一条额外的“X”染色体（47XXY），其发生率约为男性婴儿的1/500。这种阴茎在解剖上是正常的，只是阴茎、睾丸都特别小，并伴有不育和性欲低下。

三、包茎或包皮过长

学龄前儿童仍为包茎或包皮过长时，将阻碍阴茎的正常发育。有些国家将每年的5月某日定为“包皮节”，凡是年满5岁的男孩若有包皮过长症，必须作包皮环切术。据统计，在青壮年阴茎发育不良的647例患者中，曾经包茎或包皮过长者462例。阴茎的发育分为3个阶段：胎儿分化发育；出生后至6岁为幼儿期发育；6岁后至12岁阴茎发育基本停滞，至13岁进入青春期阶段，20岁阴茎发育成熟。家长应密切观察孩子阴茎的发育增长情况，并定期进行测量以作为观察阴茎发育数据的比较。若在12-18岁期间，阴茎仍未见正常发育，应适当给予小剂量丙酸睾酮25-50mg，每周2次，每年治疗两个疗程（2个月），以促进阴茎的发育。若注射两个疗程仍无效时，应检查性染色体、血睾酮、促卵泡成熟素、黄体生成素、24小时尿17-酮类固醇及孕三醇的含量，以便排除Klinefelter综合征或性别畸形。成年后或阴茎勃起短于10cm时，宜行阴茎延长术。